1月16日，飞猪宣布与美国航空达成战略伙伴关系，让中国旅客能够直接购买美国航空的服务和产品。双方的合作内容包括将在飞猪平台上开设专营店和双方会员计划之间的合作等。
通过本次战略合作，飞猪不同等级会员有机会享受美国航空AAdvantage(R)计划精英会员礼遇。未来的合作计划还包括接受支付宝为付款方式。2月初起，飞猪会员便可在飞猪APP或飞猪官网，按照会员等级获取AAdvantage(R)会员礼遇。
美国航空并非飞猪签下的第一家航空公司，整个2017年，飞猪几乎每个月都会与新的航空公司达成不同层面的合作。
2017年2月16日，芬兰航空宣布入驻飞猪开设官方旗舰店；4月21日，肯尼亚航空公司在飞猪独家开设旗舰店；6月15日，阿联酋航空官方旗舰店在飞猪上线；8月8日，与国泰航空达成合作；8月11日，与澳洲航空达成战略合作；9月14日，与香港航空达成战略合作；10月24日，与汉莎航空达成战略合作；11月6日，阿里巴巴集团、蚂蚁金融服务集团与阿提哈德航空集团共同签署谅解备忘录，在会员计划上开展更深入的协作；12月21日，阿里巴巴集团与东航集团宣布达成全面战略合作。
由于飞猪与航空公司的合作多以开设旗舰店方式展开，理论上佣金及分成不会太高，因此这些合作对飞猪贡献的营收会比较有限。然而营收并非飞猪考量的主要因素。
随着市场快速发展，在线旅游已经成为一门大生意，而在旅游中，大交通是必不可少的一环，因此，获得更多航空公司的支持，意味着可以为用户提供更多大交通方面的选择。同时，自2016年10月将“阿里旅行”升级为全新品牌“飞猪”后，新品牌飞猪的重点转移至年轻消费者的境外自由行，在产品上，飞猪也在加快国际化布局。因此，与不同航空公司达成合作，对于获得更多用户具有积极意义。
除此之外，身处阿里巴巴的大生态中，飞猪也被阿里当做触及用户、连接更多服务的一个重要窗口。
在飞猪与航空公司的合作中，有多起是与阿里云、蚂蚁金服作为共同主体与对方签订合作。合作内容除了航空公司在飞猪开设旗舰店外，还包括会员体系合作、支付方式及场景合作以及云服务合作等。
这意味着飞猪拓展合作伙伴被赋予了更多意义，而阿里系资源的注入也为飞猪提供了差异化的竞争资源。
尽管目前飞猪拓展航空公司旗舰店并非以营收为第一目的，但在阿里系资源的协助下，飞猪在资源端的积极布局终会对客源的争夺产生影响，这意味着，飞猪与传统OTA的巨头竞争和摩擦将会加剧。
