继建立起四级河长制后，北京市9月6日再次下发《关于在湖泊实施湖长制的工作方案》，明确在9月底前，在北京市水务普查数据认定的41个湖泊分级设置湖长，并纳入河长制统一管理，为维护湖泊健康生命、实现湖泊功能永续利用提供制度保障。方案中强调，各级湖长要因湖施策，科学制定“一湖一策”方案，并与入湖河流“一河一策”方案通盘考虑、相互衔接，切实解决湖泊管理保护中存在的突出问题。
方案中指出，本市共有湖泊41个，涉及7个区。其中西城区最多，达12个；朝阳、海淀各占了10个。其中，在颐和园昆明湖（昆明湖、昆明西湖）、团城湖、迎宾馆湖、什刹海（前海、后海、西海）等16个功能重要或跨乡镇（街道）的湖泊设立区级湖长，湖泊所在的乡镇（街道）、村相应设立湖长，其他湖泊设立乡镇（街道）和村两级湖长。各级湖长由属地同级河长担任，
方案明确，湖长制以严格湖泊水域岸线管控、强化湖泊系统治理修复、健全湖泊管理保护机制为重点，主要任务包括加强水污染治理，对于水质不达标的湖泊，逐步改善水质；水质达标的湖泊，确保水质不退化。同时，依法划定地表水源保护区，禁止填湖造地、截弯取直等破坏水生态环境的建设行为。此外，要持续推进湖泊生态修复和保护，防止湖泊水域萎缩和水质恶化等等。
方案中强调，各级湖长要因湖施策，科学制定“一湖一策”方案，并与入湖河流“一河一策”方案通盘考虑、相互衔接，切实解决湖泊管理保护中存在的突出问题。同时，各区要在10月底完成湖泊基础信息表，建立“一湖一档”，明确湖泊管理范围，实行严格管控。要积极利用卫星遥感、无人机、视频监控等技术，加强对湖泊变化情况的动态监测。
据悉，湖长制考核、问责机制一并纳入河长制相关体系。乡镇（街道）级及以上湖（河）长负责组织对相应湖泊下一级湖长进行考核，考核结果作为地方党政领导干部综合考核评价的重要依据。实行湖泊生态环境损害责任终身追究制，对造成湖泊面积萎缩、水体恶化、生态功能退化等生态环境损害的，严格按照有关规定追究相关单位和人员的责任。
