关于国库管理，财政部和央行的关系一直存在争议。
正在公开征求意见的《预算法》修正案草案二次审议稿中，将现行预算法“中央国库由中国人民银行经理”一条删除，引发外界诸多讨论。
央行“经理”降低效率？
现行预算法的第48条中有规定，“中央国库业务由中国人民银行经理”。但在公布的二审稿中，此项规定被删除。
现行预算法“各级政府应当加强对本级国库的管理和监督”的条文，改成二审稿中“各级政府及其财政部门应当加强对本级国库的管理和监督”，增加了“及其财政部门”。现行预算法与二审稿中，都有“各级国库库款的支配权属于本级政府财政部门”。
这些有关国库管理条文的改动，意味着中国人民银行对国库管理权限的减弱，而财政系统这方面的权限则得到加强。
据地方财政厅相关官员介绍，财政资金的拨付，需要先由财政系统各业务部门，如农业处、经济建设处等，根据预算，提出相应申请，这些申请需要首先在该部门内经过审批；各业务部门的申请，汇总到财政系统的国库处，经过审批；再到国库支付中心，或者国库支付局，经审核，再确认支付；最终，汇总到地方国库，根据央行具体风险控制标准，走不同的审批程序。
财政部财政科学研究所副所长王朝才指出，应该推行央行代理制，世界上没有几个国家是经理制。在现行经理制下，财政资金拨付过程中，还需要走央行的审批程序，需要他们相关负责领导签字通过，这往往会减缓财政资金下达的速度。财政资金的下划，是按照年初预算，中间不应该也无需央行的审批。
国务院发展研究中心研究员吴庆认为央行应该是代理国库。他指出，财政部是代政府管理财政资金，在这个过程中，需要银行服务，而央行则是负责提供这种服务的。
此前，财政部曾就预算法的修订，向各地征求意见。据媒体的报道，广东、四川等省份，均明确提出，由央行经理国库已经不合时宜，建议在资金的收缴、支付上，实行央行代理制；避免财政系统与央行出现的职能交叉，影响财政资金运行的效率。
代理无法监督？
中国人民银行国库局职能介绍的第一条，就是“经理国家金库业务”。这是依据1985年通过的《中华人民共和国国家金库条例》，第三条就规定“中国人民银行具体经理国库”。
据业内人士透露，财政部希望先通过预算法的修订，然后再依次推动预算法实施条例和国家金库条例相关条文的改动。
中央财经大学财经研究院院长王雍君指出，央行对国库究竟是经理还是代理，关系重大。他认为，综合考虑当下情况，坚持央行对国库的经理，是首选之策。经理制下，央行与财政部是平行的关系，相互分工，央行直接对政府负责；代理制下，央行与财政部是代理与委托的关系，央行需依财政部指令行事，难以对财政部起到制约作用。
中国人民银行研究局副研究员熊鹭此前接受媒体采访时表示，财政是政府的总会计，国库是政府的总出纳，会计和出纳不能互兼，国库应独立于财政部门。
