自从朝鲜威胁向关岛周围海域发射导弹以来，该岛的战略地位受到很大的影响。关岛是美国领土的最西端，目前部署2个军事基地，分别供空军和海军使用，并在计划为海军陆战队建设第三个军事基地。二战期间，美国从日本手中夺回关岛，自此后在那里驻扎重兵，这里时不时会引发争议。
地缘政治形势已经重塑了这座岛屿，其1/3直接处于美军控制之下。这意味着要不断为海军舰只通行疏浚码头，为美国数千官兵建设住房，并计划在关岛国家野生动物保护区旁边设置实弹射击靶场。其中，美军基地对关岛生态影响最大的就是蛇类。
二战后的几年时间里，当美国军用飞机在关岛进进出出时，一种被称为棕树蛇的物种搭乘顺风机从南太平洋来到了关岛。它体长有数英尺，以小型哺乳动物、蜥蜴和鸟类为食。在岛上，这种入侵的捕食者发现了很容易捕获猎物，包括密克罗尼西亚翠鸟和马里亚纳水果鸽子以及棕扇尾鸽。在短短的几十年里，棕树蛇吃掉了关岛上5/6的本土森林鸟类物种。
有科学家最近表示：“在关岛丛林里独自度过一天，真是非常怪异的感觉。”这里没有鸟儿的歌声，没有交配的呼唤，没有叽叽喳喳、生机盎然的感觉。控制蛇类种群壮大的努力越来越极端，美军会用飞机在岛上空投数以千计的死老鼠，老鼠身上含有对乙酰氨基酚（Tylenol中的活性成分），对于蛇类来说属于剧毒物质。
棕树蛇的食欲已经影响到关岛的整个生态系统。没有鸟儿吃它们，蜘蛛群体就会繁盛起来。没有鸟散播种子，森林变得稀薄。据估计，新树苗的成活率已经降至61-92%。岛上建造军事基地使这一切变得更加复杂。美国地质调查局野生动物生物学家苏珊·海格（Susan Haig）指出：“关岛的军事化发展已经导致大量森林消失。”
由于2004年美国国会通过了一项修正案，赋予军方在《濒危物种法》中拥有“关键栖息地”的豁免权限。对于那些濒临灭绝或受到威胁的物种来说，关键栖息地都是至关重要的地区，越来越难以保护。而军队在占据关键栖息地时，无需像其他机构那样，需要与美国鱼类和野生动物管理局制定综合性的自然资源管理计划。
《洛杉矶时报》2004年初报道，美国鱼类和野生动物管理局最初建议将10037公顷的关岛森林作为鸟类的栖息地。在国会给予军方豁免权限后，该机构最终将提议的栖息地面积削减至152公顷。
将一个海军基地从冲绳迁往关岛的计划，将意味着更多栖息地遭到破坏。为成千上万的海军陆战队士兵及其家属新建住房，将会影响数百公顷鸟类和濒危马里亚纳果蝠的恢复栖息地。而提议建造的实弹射击训练场也将影响数百公顷地域。
美军基地聚集在关岛上也对附近的其他岛屿造成了影响。军方提出要在关岛北部的天宁岛和Pagan岛进行军事演习，这些岛屿都属于北马里亚纳群岛的美国联邦。其中Pagan可能成为轰炸训练场，天宁岛周围的珊瑚礁则成为两栖车辆的练习场。
生物多样性中心高级顾问Miyoko Sakashita表示：“这些岛上拥有极其丰富的生物多样性，而军事活动的增加对它们造成重大影响。”生物多样性中心与几个当地团体已经将军方告上法庭，挑战其训练计划。
对于美军来说，如果亚洲出现麻烦，这些偏远岛屿将变得非常关键。但是这些岛屿上的野生动物成为地缘政治的牺牲品。美国地质调查局退休生物学家戈登·拉达（Gordon Rodda）称：“随着关岛日益关注朝鲜的威胁，我理解的核交易可能对关岛的野生动物来说没有好处！”
