为了巩固政权，朱棣迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来还不够用，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官出过很大的力，如着名的郑和、道衍等人，所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠，而且他们身处皇宫，联系起来也比较方便。就这样，在明成祖迁都北京之后，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构，由于其地址位于东安门北侧，因此被命名为东厂。
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，起初，东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理，但到了明末，东厂也有了自己的监狱。东厂的首领称为东厂掌印太监，也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审；朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动；一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看；甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。东厂获得的情报，可以直接向皇帝报告，相比锦衣卫必须采用奏章的形式进行汇报，要方便得多。东厂府衙，大厅左侧供奉着岳飞的雕像，右侧刻着胰式芏案的故事。
历届东厂厂主的牌位，供奉在大厅西侧的祠堂里，堂前还有一座“百世流芳”的牌坊。可惜东厂人员的所作所为与这些摆设实在相差太远。东厂番子每天在京城大街小巷里面活动，并非完全为朝廷办事，更多的是为自己牟私利。他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索。到了明中后期，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连远州僻壤，也出现了“鲜衣怒马作京师语者”，搞得举国上下人人自危，民不聊生。在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上。
由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。与东厂相对的是西厂，西厂在历史上只短期存在过，明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但明宪宗由此深感侦刺力量的不足。
于是他身边的小太监汪直被选中，派往宫外打探消息。汪直抓住了这个机会，到处捕风捉影，搜罗了不少所谓的“秘密消息”报告给了宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，对汪直的表现也十分满意，要他继续做下去。几个月后，宪宗成立了一个新的内廷机构——西厂，首领便是汪直。西厂的军官主要从禁卫军中选拔，这些人再自行选置部下，短短几个月内，西厂人员极度扩充，其势力甚至超过了老前辈东厂。西厂的成立，本来只是为了替皇帝刺探消息，但汪直为了升官发财，拼命地构置大案、要案，其办案数量之多、速度之快、牵扯人员之众都远远超过了东厂和锦衣卫。
西厂在全国布下侦缉网，主要打击对象是京内外官员，一旦怀疑某人，就立刻加以逮捕，事先不必经由皇帝同意，之后当然就是严刑逼供，争取把案件弄得越大越好。对一般百姓，其一言一行只要稍有不甚，就会被西厂以妖言罪从重处置。在这种情况下，西厂仅仅成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶，以大学士商辂为首的辅臣集体上书，向宪宗痛陈西厂之危害，并将汪直办下的不法之事一一举报。
宪宗收到奏章后为之震惊，于是撤销西厂，遣散了西厂的人员。但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感，奸臣戴缙在得知皇帝的心思后，主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗大喜，立刻恢复西厂，废与举之间，只相隔一个月。汪直复出后，更加严酷地办案，戴缙也得以升职。在此后的5年里，汪直领导西厂又办下了无数“大案”，将反对自己的朝臣如商辂、项忠等一一剪除，他的权势也达到了极点。
后来，汪直极度膨胀的权力引起皇帝的警觉，汪直最终被调出京城，西厂也随之解散。明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开，由太监谷大用领导。这时西厂和东厂都受刘瑾的指挥，但两者之间不是互相合作，而是争权夺利，互相拆台。为了改变这种情况，刘瑾又自建了一个内行厂，由本人直接统领，其职能与东西厂一样，但侦缉范围更大，甚至包括东西厂和锦衣卫。一时间，锦衣卫、东西厂、内行厂四大特务机构并存，缇骑四处，天下骚动。
直到刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂和内行厂。厂卫特务制度是皇帝个人为了维护自己的统治实行的个人政治措施，它最大的功效就是你无法知道自己是否正在被特务监视，从而产生一种自己随时处在监视之中的感觉。任何一点不够“老实”的动作，都可能造成无法预估的可怕后果，从而不敢有任何轻举妄动，只能乖乖地做个顺民。但特务们权力倾轧，残害忠良，最终倒霉的，还是整个国家！
