一是正常死亡。官方记载说雍正是忽然发病身亡。作为第一手资料的《起居注册》中是这样记载的：“八月二十一日，上下豫，仍办事如常。二十二日，上下豫。子宝亲王、和亲王终日守在身旁。戌时皇上病情加重，急忙在寝宫发布遗诏给诸王、内大臣及大学士。龙驭上宾于二十三日子时。由大学士宣读朱笔谕旨，着宝亲王继传。”由以上史料看来，雍正的病应当是一种急症，有人推测雍正可能是中风而亡。
二是被刺身亡。这也是民间最广为流传的一种说法。例如《满清外史》、《清宫遗闻》、《清宫十三朝》等等记载说吕留良的孙女吕四娘刺杀了皇帝。由于清朝政府采取民族高压政策，镇压了好几起汉人的造反，后为达到杀鸡儆猴的效果，雍正杀死了很多汉人的全族，以警世人。吕留良文字狱正是雍正六年发生，十年十二月，留良、葆中父子被处死。其亲人也被严加处置，另一子毅中斩决，孙辈发配极边为奴。传说吕留良的孙女四娘以宫女身份混入皇宫侍奉皇上，伺机行刺。还有传说四娘在吕案发生后逃亡外地，练就一身功夫潜入宫内，以飞剑砍去清帝脑袋。还有人传说除四娘外还有一位名为鱼娘的女子做帮手。
虽然这些仅为传说，但即使下笔谨严的学者，在提到世宗死时，也会提及这些传闻。但有人认为这种行刺之说纯属谣言，并举出例证。一、吕案发生后，其家人皆受罚，无漏网之鱼。二、四娘根本不可能混进宫。吕氏的孙辈在宁古土基成为奴隶，犯大罪的人犯多是这样下场。所以四娘不可能混入宫内。三、圆明园内戒备森严，设护军营，一个女子根本不可能飞檐走壁，穿过昼夜的巡逻和森严的戒备，轻易地就进入寝宫，刺杀皇帝。因而，雍正遇刺身亡的说法便受到了一定的质疑。
于是就有了第三种说法，认为雍正是服丹药中毒而亡。这是从宫中档案等资料中推出的结论。雍正生前崇佛信道，迷信鬼神，“所交多剑客力士”，在宫中也曾蓄养了一些僧道异能之士，甚至与他们结交为兄弟。雍正从雍正四年开始服用道士炼制的既济丹，雍正八年得大病后，又命道士为他炼制丹药疗疾，及至雍正十三年八月，他传旨在圆明园用牛舌头黑铅二百斤炼煮。照这种情况看，很有可能是由于丹药中有毒成分在体内长期积聚，或者是那二百斤牛舌头黑铅，终于使雍正帝中毒死去。
而这些都是可以找到佐证的。首先，雍正死后第三天，乾隆登基后忽然下谕旨将炼丹道士驱逐出宫。让人疑惑的就在这里，新君刚登基，尚有众多事务待理，为什么急于驱逐数名道士呢？乾隆还说其父视僧道如俳优，未听一言，未服一药，这显然在为父亲辩解。如果雍正不信道，不服药，宫里的道士和丹药是如何而有？他显然在为父亲辩解。如果雍正不信道，不服药，宫里的道士和丹药是如何而有？他又说这几个道士早就该受驱逐，但为何世宗容忍他们在宫中？乾隆如果为的是崇正道、黜异端，就应该加以排斥，然而他却沽沽自喜地称：“朕崇敬佛法……仰蒙皇考嘉奖，许以当金法会中契超无上者，朕为第一。”而且，还善待超盛、元日二僧让他们来京瞻仰梓宫。
其次，乾隆在同日另下谕旨谕告诫内监、宫女不许妄行传说国事，“恐皇太后闻之心烦”，“凡外间闲话，无故向内廷传说者，即为背法之人”，“定行正法”。这些让人明显可以看出来此事必与世宗横死有关，否则为何皇太后所见外间闲话会心烦？
雍正帝的死因因各种流传而蒙上了神秘的面纱，变得更加扑朔迷离，让人难辨真假。悬案尚未解开，看来，雍正的死还会继续引起人们探讨的兴趣。
