对火烧为主因的排除
在史料中对导致赤壁之战胜负原因的描述中既有火烧，又有疾病，在不同的场合、不同人物、不同时间上各有所侧重，有许多矛盾之处。所以在讨论疾病之前对历来认为是主要原因的火烧观点先做若干排除。
东南风不可能吹向南岸
关于赤壁之战的地点，众说不一，但大多倾向于前属嘉鱼，现划归蒲圻（赤壁）市辖管的赤壁。其位于长江南岸，这就使得史书上所记述的周瑜、黄盖的蒙冲斗舰借助诸葛亮观天象测得的东南风鼓动，导致炎炎烈火烧尽曹操的船只并延及岸上营落的说法无从解释。
十艘蒙冲斗舰的破坏性有限
在现存有关赤壁之战的记载中，蒙冲斗舰扮演着重要的角色。《资治通鉴》原注：蒙冲是蒙着牛皮的小船，斗舰是战船。而以现代观点看，将蒙冲斗舰说成两样东西，似不大合适，含糊一点说蒙冲斗舰是小战船相信不会离谱太远，限于当时的技术与水准，载重量几百吨的船只应该算是不小的了，为了灵活快捷，似乎更要趋于小而轻便而不是一味强求大吨位，所以我们倾向于其为小战船的理解。
说到黄盖烧船时，《资治通鉴》写道：“乃取蒙冲斗舰十艘，载燥荻、枯柴、灌油其中……去北军二里余，同时发火。火烈风猛，船往如箭，烧尽北船，延及岸上营落。顷之，烟炎张天，人马烧溺死者甚众。”
如果真的这样，周瑜、黄盖的胜利似乎也太容易了一些：假如是小船，那么其运载的易燃品必然有限，如何能以十艘蒙冲斗舰将“乃以千数”的曹操所得的刘表水军烧尽，而且还“延及岸上营落”呢？
如果说蒙冲斗舰是大船，自然可以多运载一些诸如燥荻、枯柴、油脂之类的易燃品，可是这不免又有两个问题要解决，一是速度，二是灵活性，这两者显然同载重量大小成反比例关系，供作军事家选择的余地是有限的。况且船在水上，以水灭火总还是可能的，尽管曹军缺乏防护的思想准备，但一点点的救护能力和措施都没有也难以让人理解。
疾病的严重性
如果仅是普通的伤风感冒之类的小毛病而在史料中大书特书似乎说不过去。按曹操的说法，赤壁之战的退却完全是“值有疾病”造成“吏士多死者”。应当注意的是疾病的发生与危害不光涉及士卒，也包括文武官员；不但发病，而且有死亡；不是个别，而是多数；不但使赤壁战场上的军事失利，在孙权围困合肥时亦因之派不出更多的援军，只好让部将张熹带领少数人马前往解救。
但这支小队伍却也因继续发病或留下后遗症或因之体质下降继发其他疾病而使战斗力受影响；不但当时危害严重，经年之后还造成“百姓流离，家室怨旷”。这是多么悲惨的场面啊！要不是遇到极大障碍，曹操的大军绝不会轻易“引次江北”之后又“引军还”的。
排除其他诸如疟疾、鼠疫、斑疹伤寒、霍乱、痢疾、钩端螺旋体病、流行性出血热、流行性感冒等疾病的因素影响，我们应当认定，曹操在赤壁之败的主要原因是他的军队普遍感染了血吸虫病。
